Действия игры начинаются сразу после возвращения Наруто из трехлетнего путешествия с Джирайей. До этого момента все по манге, а вот дальше не совсем
У Акацки происходят небольшие изменения. Лидер пересматривает план действий на ближайшее будущее: Помимо поиска и поимки хвостатых, в голове лидера назревает план "Разрушение мира", смысл которого заключается в разжигании новой вражды между великими странами. Эта война будет в первую очередь влиять на маленькие страны, которые Акацки смогут использовать в достижении своих коварных целей, предлагая свою помощь не только за деньги, но и за услуги и поддержку, так же Война отнимет у деревень много сил, отчего будет легче добраться до хвостатых. Но всего этого еще не случилось, ведь план еще только зародился в голове лидера. Так же он открывает набор новых членов в преступную организацию...
Коноха и Суна ослаблены после Орочимаровой подставы. Они заключили крепкий союз, но не надо забывать, что в мире ничего не вечно, а в мире шиноби особенно не вечно то, что связано с доверием в отношениях между странами. На молодого Кадзэкаге Гаару обрушились еще и проблемы с дальними родственниками. Его дядя, взявшийся неведомо откуда, каким-то образом раздобыл образец ДНК своего племянничка и сговорившись с Кабуто сделал из трех своих подопытных покровителей песка, не таких умелых как Гаара, но всё же.(Помошник змеиного санина рассчитывает, что те трое смогут убить Орочимару, если Саске не справится.)  Пока не понятно зачем им такая сила, но от сумасшедших ученых(вспомним Орочимару) не стоит ждать добра.
В Ивагакуре всё спокойно, эта деревня находится в отличном боевом состоянии и решает обособиться от отношений с другими странами, чтобы заграничные проблемы не распространились и в Страну Земли.
В Кумогакуре тоже всё хорошо, они в основном сосредоточены на защите Хачиби, но как бы они не оказались втянутыми в войну, ведь взрывной хар-р Райкаге - отличная мишень для Акацук в их новом плане.
В Киригакуре самое бедственное положение. После всех интриг и предательств, попыток переворота и захвата власти деревне уже не нужно ничего для саморазрушения. Если теперешней Мизукаке не удастся удержать деревню в своих руках,  то Страну Воды подомнут под себя или Акацки или какая-нибудь другая страна, может даже и не великая.
Кстати о не великих. В Ото уже подрос и окреп Саске, а у Орочимару подходит срок для замены тела, но он очень слаб и вряд ли сможет своими силами захватить тело Учихи. Он это понимает и должен найти какой-то иной способ захвата тела или хотя бы попытаться выжить в схватке со своим учеником.
(by Tsukiko)